1999年，正式辭去公職，創(chuàng)辦阿里巴巴網(wǎng)站，開拓電子商務(wù)應(yīng)用，尤其是B2B業(yè)務(wù)。目前，阿里巴巴是全球最大的B2B網(wǎng)站之一。阿里巴巴網(wǎng)站成功，使馬云多次獲邀到全球著名高等學府講學，當中包括賓夕法尼亞大學的沃頓商學院、麻省理工大學、哈佛大學等。