在此期間，專門委員會還原則批準(zhǔn)研制攻擊型潛艇。　12月11日，周恩來在中央專委會第十七次會議上，提出了要研制人造衛(wèi)星。同時，為使核武器系列化，周恩來提出，1968年要把“東風(fēng)3號”搞出來，“東風(fēng)4號”可以試，洲際導(dǎo)彈也可能搞出來，全部在這四年內(nèi)(1964~1968)解決。并同意在當(dāng)年12月底或次年1月初進(jìn)行這兩次試驗。 1967年，局勢更加混亂，奪權(quán)風(fēng)也刮到了國防科技領(lǐng)域。周恩來為了保護(hù)中央專委和國防科技骨干，想方設(shè)法阻止“造反派”奪權(quán)，而“造反派”卻打著“革命”旗號恣意妄為。這個度如何把握，實際上要比走鋼絲還難。針對二機部“造反派”奪了黨委領(lǐng)導(dǎo)權(quán)一事，他氣憤地說：“你們簡直沒邊了。部黨委上面還有中央，不能叫部黨委靠邊站。”又說，“與國防工業(yè)相關(guān)的各部部長、司局長，除中央已宣布停職反省的外，你們一個也不能扣留。否則，你們就要犯錯誤。沒經(jīng)中央批準(zhǔn)，你們宣布罷官是不算數(shù)的。現(xiàn)在對干部的斗爭方式已發(fā)展到打人、掛牌、游街，這是‘左’傾路線的惡劣作風(fēng)，是‘殘酷斗爭、無情打擊’了。我看了心里很難過。如果不指出來，讓這樣發(fā)展下去，我就有罪了。”

　　他反復(fù)告誡有關(guān)人員：“這些單位是國家的絕密工廠、院、所，對國防建設(shè)和加強戰(zhàn)備極其重要，一定要保障其絕對安全，保證其連續(xù)生產(chǎn)。”“這些單位的‘文化大革命’，只能在業(yè)余時間進(jìn)行，不準(zhǔn)串聯(lián)，不準(zhǔn)停產(chǎn)，不準(zhǔn)武斗，不準(zhǔn)奪權(quán)。”周總理竭盡全力地保護(hù)了參與我國尖端科技的技術(shù)專家和行政領(lǐng)導(dǎo)干部。他命令第二、第七機械工業(yè)部和科研院、所的軍管會負(fù)責(zé)人，采取切實措施，保護(hù)列入名單的科學(xué)家和干部的人身安全，并嚴(yán)肅指出：“如果這些人發(fā)生意外，我要找你們。”錢學(xué)森曾回憶說，“‘文革’中，我們都是受保護(hù)的；如果沒有周總理的保護(hù)，恐怕我這個人早就不在人世了。”

　　在那樣的局面下，能發(fā)出批評奪權(quán)派的聲音已經(jīng)很不容易了，更難能可貴的是，他還把一些處境困難的中央專委委員接到中南海保護(hù)起來。這期間，周恩來還囑咐秘書轉(zhuǎn)告受到?jīng)_擊的二機部部長劉杰堅持住，不能承認(rèn)反黨、反社會主義。

　　張愛萍曾回憶“恩來同志如同保護(hù)許多同志一樣竭盡全力救我于水火。在羅瑞卿同志突遭厄運時，恩來同志派我去大西北基地指揮第三次原子彈試驗，這當(dāng)然是工作的需要，但也有很濃的保護(hù)色彩。在揪斗成風(fēng)時，他又任命我為總理聯(lián)絡(luò)員，在國防科技工業(yè)領(lǐng)域處理部院合并的事宜，這雖然也是勢在必行，但也有讓我避開風(fēng)口浪尖的意圖。可是，我終于在他力不能及的情況下，被投入了一個秘密監(jiān)禁人的地方，被扣上了一長串置人于死地的大帽子”。

　　為防止“造反派”的奪權(quán)行為干擾尖端武器研制，周恩來與毛澤東商定，首先在國防工業(yè)等相關(guān)系統(tǒng)實行軍管。

　　正是由于周恩來的傾心維護(hù)，1967年的5月，我國第一顆氫彈的加工裝配以及試驗準(zhǔn)備工作才全部完成。5月9日，周恩來主持第十八次專委會，要求6月20日之前做好氫彈試驗前的各項準(zhǔn)備工作，并于6月1日至l0日，陸續(xù)提出六七月份試驗場和煙云經(jīng)過地區(qū)的詳細(xì)的氣象資料，再決定試驗日期。　6月初，正在準(zhǔn)備氫彈試驗的關(guān)鍵時刻，七機部一個名為“九一六”的“造反派”組織居然占據(jù)了國防部大樓。由此可見，盡管三令五申，國防工業(yè)系統(tǒng)也不可能成為世外桃源。6月3日，周恩來讓秘書通知“九一六”派：立即撤出，如不撤出就不予接見。當(dāng)晚10時至次日凌晨4時，周恩來接見國防工業(yè)系統(tǒng)群眾組織代表和軍管會代表，指出：七機部“九一六”在國防部搞“萬炮齊轟聶榮臻”是錯誤的，你們要承認(rèn)錯誤。批判領(lǐng)導(dǎo)干部可以，但不能揪斗，必須給他們足夠時間去工作。現(xiàn)在，中央有任務(wù)下來了，就要把批判往后推遲。不要搞疲勞戰(zhàn)，以免造成事故。

　　周恩來的講話，使“造反派”多少有些收斂。　1967年6月12日，周恩來主持中央專委小會，研究氫彈試驗的時間等問題。為加強領(lǐng)導(dǎo)且保護(hù)聶榮臻，周恩來說：“聶老總，恐怕還是要請你去一趟羅布泊，可以嗎?”聶榮臻心領(lǐng)神會地回答：“義不容辭!”

　　6月l7日，中國第一顆氫彈爆炸成功。這是中國進(jìn)行的第六次核試驗。