去年，民進南京市委提交了一份集體提案，建議重新規劃建設南京大報恩寺遺址公園，以“長干里佛教遺址公園”來取而代之，以涵蓋長干寺、大報恩寺以及歷史上這里曾經有過的其他寺院的文化。委員們認為，雖然大報恩寺在佛教發展史上有著特殊的地位，但是長干寺內出土的七寶阿育王塔以及其中可能藏有的佛頂真骨和感應舍利等，意義非同尋常，其佛教地位和考古地位超過了大報恩寺塔。而且已經發掘了長干寺地宮，遺址原有的規劃設計就不具備科學性與合理性了。

　　不過一年過去，大報恩寺園區建設也沒有什么動靜，為此，民進南京市委在今年的南京市兩會上再次進言，建議不要光“糾結”于大報恩寺上了，借此機會設立一個綜合規劃的“大遺址保護區”，初步設想是，這個區域內的考古勘探發掘部分全貌保留，這是園區的精華部分，并設立主題博物館，展示東吳建初寺以來這個地區歷史文化演進的全貌，其中建初寺、長干寺、大報恩寺等佛教文化可以做重點展示。整個遺址的范圍要向四周適當擴大，可北至中華門，南至雨花臺，東至晨光路，西至雨花路。

　　但這樣的想法也有反對的聲音，有專家認為，國內不缺類似的景點，沒有必要把攤子鋪那么大，還是應該主題鮮明，在這些佛教寺廟中，還是大報恩寺的影響力最大，因此可以堅持原來的規劃，再將長干寺地宮的文物請回去供奉，也并不矛盾。

大報恩寺塔確定原址復建

　　按照最初的規劃，大報恩寺遺址上要原汁原味復建一座大報恩寺琉璃塔，這也是最大的亮點，季建業昨天也表示，將重建大報恩寺塔永久供奉佛祖舍利。但是大報恩寺及寺塔在哪里恢復重建，至今也有兩種聲音。

原址復建派：

　　談到原先的遺址規劃，潘谷西表示：“現在暫時被擱置了。”他也聽說關于在哪兒重建大報恩寺和琉璃塔，目前有不同的聲音，不過他堅持認為，不管規劃變不變，琉璃塔還是應該在原來遺址的范圍內復建，“跑別的地方去復建，就不叫大報恩寺塔了。”在潘谷西看來，在原來的遺址范圍才叫“復建”，在別的地方就是“重建”了，而重建就可以建別的寺塔，不一定是大報恩寺。

遷址重建派：

　　南京市政協委員、玄奘寺住持傳真也贊成恢復大報恩寺和寺塔，但他的建議是：遷址重建，推薦的新址是江寧的牛首山風景區。

　　傳真認為，現在的遺址范圍非常狹小，要在原址上恢復報恩寺和報恩寺塔，不管是在規模上、建筑格局上、游客的接待與承載能力上，還是塔身的體量高低上，都不能展示其在歷史上的輝煌，更難體現在其歷史上的佛都文化中心的地位。