陳水扁主政時，臺當局爆發“金援外交”重大弊案。2006年間，為拉攏某南太平洋國家，透過“密使”新加坡籍人士吳思材、臺灣商人金紀玖，允諾支付三千萬美金、折合新臺幣十億元，作為技術援助經費，并匯給吳思材設于新加坡銀行賬戶，但事后這筆“慶寧項目”的機密經費卻疑遭兩名“密使”侵吞。

　　島內檢方特偵組發現，這筆由臺“外交部”匯出的三千萬美元款項，是由“行政院副院長”邱義仁直接指示匯款。金紀玖并沒有“外交”人員身份，并曾在一起官商勾結弊案中因涉及不法。而吳思材的政商關系良好，與臺當局派駐中南美洲官員熟識，

　　檢方于2008年4月25日發出拘票拘提吳思材、金紀玖兩人，但只有吳思材到案，檢察官訊后逮捕，并以吳思材涉嫌重大，向臺北法院聲請羈押。

　　臺北檢方在查扣涉案人吳思材的個人電腦與文件后，案情出現大轉變。檢方解讀電腦檔案發現，吳思材與金紀玖二名涉案中間人曾密集聯系，重點談論利益差額款項的分配；檢方從諸多跡象高度懷疑，全案極可能是一宗“真詐財”的大騙局。

　　檢方從吳思材的電子郵件數據中，發現吳與金紀玖之間的大量聯系紀錄，顯示二人似乎對協助“建交”的興趣不大，反倒是在款項處理部分洽商密切。

　　5月5日，由于爆出“金援外交”巨資遭侵吞的丑聞，卷入其中的臺“行政院副院長”邱義仁提出退黨聲明，宣示退出民進黨。

　　因吳思材4月25日被檢察官拘提到案時，曾提供一份“黑名單”。臺北檢方搜索吳思材的住處，也查扣疑似注記交涉傭金打點人物的珍貴名單和相關電磁紀錄。資料上面至少寫有將近10名民進黨黨政高層人士及陳水扁主政時臺當局高層官員的名單。這些民進黨的黨政人士依與權力核心親密程度及在臺政界的份量，分配新臺幣數收受數百萬元到數千萬元不等的回扣，甚至更多的抽傭款。

　　在此背景下，臺北檢方5月5日搜索“外交部長”黃志芳官邸，并分別傳訊臺“外交部亞太司”李傳通與“外交部會計長”楊德川。辦案人員發現本案決策過程迅速，撥款過程不合常理且急迫，疑似有官員從中收賄。

　　涉入本案的兩名“外交掮客”之一吳思材同一時期召開記者會公開指控，原本“建交”所需的費用僅2000萬元美元，但另一名關鍵人金紀玖擅自將金額提高到4000萬，后來黃志芳將金援費砍到3000萬，但他兩次安排相關官員來臺簽約，黃志芳卻不簽“建交公報”。

　　吳思材當時也表示，金紀玖向他透露之所以要提高價碼，主要是島內還有許多人必須“打點”，后來金紀玖還給了他一張“list(明細單)”，聲稱有許多開銷和其它費用，并把這張“list”交給檢察官。

　　鑒于臺當局金援弊案不斷向上延燒，部分民進黨“立委”5日將矛頭指向陳水扁，呼吁陳水扁出面對弊案進行說明，否則社會對民進黨不好的觀感恐怕會加深，最后可能導致民進黨毀滅。

　　雖有民進黨人士矛頭指向陳水扁，要陳水扁出面說明，但“護扁”的力道也很強，認為要扁出面者是在派系斗爭。

　　5月6日，牽涉該案的臺“行政院副院長”邱義仁、“外交部長”黃志芳雙雙宣布請辭獲準。臺檢方也將邱義仁列貪瀆被告并限制出境。

　　同日，陳水扁打破沉默對外表示，他“心中坦蕩，既未主導、亦未參與執行”。他說，他對該案如今的演變發展、傷害形象“深感愧疚”，并向全民“道歉”。

　　5月7日，金援案當事人吳思材的委任律師透露該案中洗錢分配流程時表示，吳思材認為，錢是官員在拿，罪卻往他的身上推；他感覺這是“情報頭子”邱義仁在背后操縱，而且還在金紀玖共謀下拿最多，甚至黑吃黑。

　　臺北檢方偵辦該案也有重大發現。根據導致前“行政院副院長”邱義仁從證人改列被告的涉案人吳思材提供的“行賄黑名單”，并非外傳的1000萬美元，而是以2000萬美元為分配基礎。

　　檢方調查，這份“傭金金額分配表”當中，總共分配七人。其中，中間人金紀玖、吳思材各分得300萬美元，臺當局前高官邱義仁、柯承亨事成后，最高可各拿380萬美元，黃志芳事成可分100萬美元。

　　當時曝光的七人回扣名單，檢方追查，由于“金援外交”原本計劃款項2000萬美元，經金紀玖開價拉高到4000萬美元，但黃志芳已殺價成3000萬美元，可使用回扣僅1000萬美元，與2000萬分配額有所出入，是本案突破的重點。

　　之后，臺灣檢調單位追查金援案10億元新臺幣資金有新進展，發現涉案中間人吳思材與金紀玖在新加坡華僑銀行開設的聯名賬戶，曾連續兩次共匯款300萬美元到吳思材前妻的臺灣賬戶。

　　檢方查扣傭金分配表，在名單中邱義仁可分得300萬美元，吳思材能拿到100萬美元；但檢調卻查出吳思材前妻的臺灣賬戶曾有300萬美元從新加坡匯入的紀錄，比100萬美元多出200萬。

　　臺北檢方掌握這些賬證資料后，5月12日持續聯系新加坡金融情報機關，希望新方提供金紀玖、吳思材聯名賬戶往來資料，協助臺方追查資金流向。

　　另外，島內檢調單位掌握到金紀玖位于美國賓州的住址，派員前往查訪，但未發現金紀玖的行蹤；調查人員透過當地的相關人士密切關注金紀玖的任何消息。

　　5月16日，金援案涉案人金紀玖透過律師將案件資料交給臺檢方特偵組，提供承辦此案的臺北檢方參考。金紀玖在給檢方的數據中，明確記載幾筆較大的資金流向，也承認自己拿了“其中一大塊”的資金。 　　

　　6月10日，臺北檢方凍結涉案人吳思材的賬戶資金，同時去函相關單位禁止吳思材位于臺北市的兩戶不動產辦理過戶。

　　6月27日，臺灣檢調單位追查金援丑聞案調查涉案中間人吳思材有關賬戶，查出臺當局外事部門匯款到新加坡3000萬元美金的假“建交”款中，吳思材疑侵吞的金額超過600萬美金，折合新臺幣2億元。　

　　7月29日，臺當局2007年決算審核報告直指，臺“外交部”涉案相關預算使用違法且全案決策、處理過程沒有風險管控，公款疑遭侵吞后恐“回收無望”，將全案報請臺“監察院”處理。報告列出四大缺失，包括臺“外交部”原編列亞太地區相關預算僅1.5億元(新臺幣，下同)，但為了金援案，挪用其它預算經費近8.5億元；“外交部”匯款給金援案中間人金紀玖、吳思材10億元，沒有風險控管機制等，且公款疑遭侵吞后，后續也沒有循“外交”或法律途徑處理。

　　8月20日，案情繼續有發展。邱義仁坦承所涉與南太平洋某國“建交”案是他主導，但否認曾經收受傭金、涉及貪污等弊情。

　　臺北檢方同天也接獲新加坡提供的涉案中間人金紀玖的賬戶、資金流向洗錢報告，針對弊案的海外洗錢部分已查到第四層。檢方全面勾稽、比對，清查所涉“建交”款是否流入公務人員賬戶。

　　檢方已厘清吳思材的資金流向。查出臺“外交部”自“慶寧專戶”匯入中間人金紀玖、吳思材在新加坡華僑銀行聯名賬戶內的二千九百八十萬美元，其中有一千萬美元匯入吳的私人賬戶，被吳侵吞。其余一千九百八十萬則匯入金紀玖的私人賬戶，二人再層層轉匯、洗錢。檢方指派檢察事務官全面勾稽異常資金流向。

　　9月25日，因涉入金援案從臺灣潛逃的中間人金紀玖指稱，臺灣追討的2980萬美元已用在加強臺灣對外關系，其中1000萬美元是他擔任陳水扁和劉泰英“密使”的費用。

　　10月13日，臺北法院金援弊案，傳前臺外事部門負責人黃志芳等人作證，厘清涉案中間人吳思材被訴偽造文書犯行部分。全案定于10月23日宣判。