2004年：7天“新年之旅”，“機票”高達21億元

　　2004年12月27日，李登輝對日本進行了為期7天的“新年懷古之旅”。當月30日，臺灣親民黨“立委”李鴻鈞披露，臺灣高鐵原本與歐洲簽約，但為了讓李登輝赴日本，只好違約與日本新干線合作，付出的21億元新臺幣巨額賠償其實就是李登輝訪日的機票。

　　值得指出的是12月16日，時任中國駐日本大使王毅曾經約見日本外務次官竹內行夫，并指出李登輝是“臺獨”勢力的總代表，是兩岸關系及地區穩定的破壞者。日本政府一方面聲稱堅持一個中國，一方面又為分裂中國的急先鋒開綠燈，言行不一，自相矛盾。中方對此不能接受，并表示堅決反對。中國外交部也就此事向日本方面提出過嚴正交涉。但是，時任日本首相小泉純一郎在接受媒體時表示“李登輝是一個普通公民，我們沒有理由不讓他來日本。”日本政府則在12月21日上午向李登輝發放了入境簽證。與此同時，日本內閣官房長官細田博之在記者會上對新聞媒體說，“這是完全私人的旅游，所以，我希望你們不要到機場或者飯店”，“我希望你們不要把這趟旅游視為一件大事……。”

　　12月27日，李登輝從名古屋入境日本。在這次的日本行程中，可以處處看到日本新干線的影子。李登輝搭乘的游覽車是日本JR東海(負責運營日本部分新干線鐵路的公司)提供的，下榻的酒店也是JR東海經營的。此外，12月28日，臺灣TVBS電視臺記者還拍攝到JR東海社長葛西敬之出現在李登輝居住的地方，兩人密談了很久。12月29日，李登輝又在美術館親手做了一個陶碗，并寫下“誠”字，送給他的老朋友——日本竹下登內閣時的運輸大臣石原慎太郎。不少臺灣“立委”質疑，李登輝頻繁與日本有關人士接觸，可能另有任務。

　　在李登輝返回臺灣的2005年1月2日，日本共同社發表了題為“李登輝決心加強日臺關系，把日本作為‘臺灣建國’樣板”的評論，一語道出李登輝此行的目的。評論同時指出，中國正在批判小泉首相參拜靖國神社等，通過李登輝訪日可以隱約看出日本想把李登輝當成“牽制中國的牌”的想法。

　　2007年：11天“學術之旅”，參拜靖國神社

　　2007年5月30日，李登輝應日本亞洲展望論壇的邀請從臺北啟程，開始了卸任后第三次為期11天的所謂日本“學術之旅”。行前，李登輝在機場感慨萬千地表示：“這次很有可能是最后一次訪日了”。

　　對此，中國政府仍然堅持反對態度。5月29日，中國新任外交部長楊潔篪在德國與正在出席第八屆亞歐外長的日本外相麻生太郎交涉，麻生太郎的回答是：“聽說他不會開展政治活動”，并再次強調“日本恪守《中日聯合聲明》的立場并沒有任何改變”。5月31日，中國外交部發言人姜瑜在例行記者會上表示，李登輝訪日目的是為“臺獨”造勢，破壞中日關系，我們對日本政府允許李登輝赴日活動表示強烈不滿。但是，當時的日本首相安倍晉三采取“開放的態度”，李登輝才得以成行。

　　這是李登輝卸任后首次在東京停留，首度在日本進行演講。6月1日，李登輝在東京國際文化會館出席了曾于日本統治臺灣時期做出“貢獻”的后藤新平150周年紀念典禮，接受第一屆“后藤新平獎”的頒獎。在得獎之后，李登輝以“后藤新平與我”為題作了紀念演講。6月7日，李登輝在東京大倉飯店以《2007年及其之后的世界情勢》為題進行演講。其后，他又在秋田縣國際教養大學發表了題為《日本的教育與臺灣——我所走過的道路》的講演。看起來，李登輝此行的“媚日”的學術味道很濃。

　　這個期間，李登輝6月7日在東京前往靖國神社，“祭拜”哥哥李登欽(日本名“巖里武則”)。李登輝稱60年沒見面的兄長入祀靖國神社，如果不去祭拜，在人情上說不通。而臺灣“立法院”的國民黨“立委”雷倩查出資料，指李登欽的靈位早在20年前就從靖國神社移靈至臺灣新竹北埔的濟化宮。所以，媒體評價李登輝此行的真正目的是挑撥中日關系中敏感的“靖國神經”。

　　或許是不滿于李登輝日本之行的過于張狂，李登輝返回臺灣前，在機場被中國大陸工程師薛義投擲了兩瓶礦泉水。盡管如此，李登輝還是把這次日本行稱為“完美之旅”。