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　　1949年春，國(guó)民黨政權(quán)已陷入崩潰前的一片混亂，孫科于3月辭去行政院院長(zhǎng)職務(wù)后，由廣州移居香港。在此期間，他對(duì)國(guó)民黨前途已不抱希望，同時(shí)臺(tái)灣方面既不歡迎他，也不給他發(fā)放申請(qǐng)赴美的護(hù)照，無(wú)奈之中他只得流亡香港和海外。孫科在歐洲、美國(guó)前后旅居16年，息影山林，潛心讀書，于1965年被邀前往臺(tái)灣定居，次年出任考試院院長(zhǎng)，在其晚年的最后八年，又開始了頗為忙碌的社會(huì)活動(dòng)，直至1973年9月去世。

　　1949年7月，孫科去廣州參加國(guó)民黨非常會(huì)議返回香港后，意氣消沉，認(rèn)為“大局已無(wú)法挽回”。12月10日，蔣介石由成都飛往臺(tái)北，沒有通知孫科赴臺(tái)。1950年夏，蔣介石在臺(tái)灣發(fā)起國(guó)民黨改造運(yùn)動(dòng)，也未通知孫科參加，僅由洪蘭友向其通報(bào)情況。孫科向洪蘭友表示，國(guó)民黨應(yīng)當(dāng)改造，但在改造之前應(yīng)召集全體中央執(zhí)行委員開會(huì)議決才算合法。不久，臺(tái)灣的報(bào)紙便出現(xiàn)了攻擊孫科的報(bào)道，并風(fēng)傳孫科將來(lái)臺(tái)灣任“副總統(tǒng)”，于是有關(guān)方面對(duì)孫科來(lái)臺(tái)便竭力防范。孫科意欲申請(qǐng)赴美，但臺(tái)灣當(dāng)局不給他發(fā)放護(hù)照，無(wú)奈中只得暫住香港。

　　中共方面曾通過(guò)相關(guān)人士與孫科聯(lián)絡(luò)，但孫科對(duì)中共及其領(lǐng)導(dǎo)的革命懷有很深的成見和對(duì)抗情緒，且對(duì)國(guó)民黨政權(quán)的崩潰感到無(wú)限痛惜，為此，他斷然拒絕了中共歡迎他前往北京的邀請(qǐng)。

　　孫科在香港居留期間，因國(guó)民黨政權(quán)在大陸失敗的刺激和國(guó)民黨前途的黯淡，他對(duì)時(shí)局深感“悲觀”，“情緒非常不好”，以致身心交瘁，對(duì)政治及一切事務(wù)均表倦怠。在他的宅邸，每天都有流寓在港的國(guó)民黨軍政人員叩門拜訪，向?qū)O科告貸。孫科每以10元港幣打發(fā)這些昔日的軍政人員，后因人數(shù)日益增多，乃改為5元，但前來(lái)借錢的人仍持續(xù)不斷，遂決定盡速離開香港。孫科剛到香港時(shí)，即向港英當(dāng)局申請(qǐng)出國(guó)護(hù)照，但在1949—1950年間，孫科卻為一私人之事所困擾。廣東籍某女子聲稱與孫有染，向臺(tái)灣和香港兩地法院同時(shí)控告遭孫科遺棄，要求孫支付一筆數(shù)目不菲的款項(xiàng)。此女子得到孫科政敵的支持，其目的是阻止孫科前往臺(tái)灣。雙方通過(guò)法律程序進(jìn)行了訴訟，一時(shí)鬧得沸沸揚(yáng)揚(yáng)。港英政府以訴訟未決不得離港為由，拒絕簽發(fā)孫科的出國(guó)護(hù)照。直到1950年春，香港法院判決孫科勝訴，他才得以出國(guó)。

　　1950年秋，孫科攜夫人經(jīng)印度、希臘赴法國(guó)，抵達(dá)巴黎后，暫住老友、前駐蘇大使傅秉常在巴黎郊外的別墅，開始了他晚年流亡海外的歲月，是年孫科60歲。

　　孫科雖流亡海外，但起初生活卻頗為優(yōu)渥。1950年他寓居巴黎后，養(yǎng)病之余，經(jīng)常游歷歐洲各國(guó)，先后去過(guò)西班牙、意大利等國(guó)，下榻之處則非高級(jí)賓館不住。綺麗的異國(guó)風(fēng)光，豐盛的餐飲，似乎已漸漸洗去孫科多年從政的疲憊。

　　孫科在巴黎寓居兩年后，決定轉(zhuǎn)往美國(guó)。1952年7月，孫科夫人先行離開歐洲前往美國(guó)，12月下旬孫科才啟程。孫科夫婦住其長(zhǎng)女孫穗英家，次年遷居加州洛杉磯西部圣塔莫利卡，在此地居住四年，后遷至洛杉磯南面臨海的lagunaBeach。

　　孫科在流寓美國(guó)期間，臺(tái)灣的蔣介石對(duì)其不聞不問(wèn)，偶爾有少許大陸時(shí)代的故舊前去探訪。1961年，陳誠(chéng)以“副總統(tǒng)”身份訪美，也只給孫科打去一個(gè)電話而已，并沒有專程前往探訪，國(guó)民黨駐美外交機(jī)構(gòu)與孫科也無(wú)任何往來(lái)。

　　大陸中共方面仍惦記著孫科，1956年3月，周恩來(lái)總理在北京會(huì)見英國(guó)客人馬坤，請(qǐng)與孫科有數(shù)十年私交之誼的馬坤代向?qū)O科致意。周總理說(shuō)，我們不能讓孫中山先生的兒子長(zhǎng)期流亡國(guó)外，中國(guó)政府仍然歡迎孫科先生返國(guó)。

　　然而，此時(shí)的孫科似乎已倦于政治，他對(duì)周恩來(lái)的口信沒有作出回應(yīng)。孫科深居息影，儼然“閑云野鶴”，在南加州鄉(xiāng)間閉門讀書，只是生活頗為清苦。已無(wú)任何固定收入的孫科夫婦與次子治強(qiáng)一家共同生活，依靠子女的小額接濟(jì)，省吃儉用，一切自己動(dòng)手。其夫人陳淑英負(fù)責(zé)烹炊，孫科則收拾洗涮碗碟，灑掃庭除。甚至有一段時(shí)間，孫科夫婦因經(jīng)濟(jì)窘迫只能吃番薯充饑。然而，他每天仍到附近的圖書館看書，家中也堆滿了書籍，完全過(guò)著一種普通老人的困窘生活。

　　1965年，孫科已經(jīng)75歲高齡，在他流亡海外16年間，在臺(tái)的蔣介石政權(quán)并沒有對(duì)他表示出任何關(guān)心和重視，孫科也從未返回過(guò)臺(tái)灣。1949年蔣介石敗逃臺(tái)灣后，大陸時(shí)代眾多的國(guó)民黨元老全被其“懸置”起來(lái)，而在歷史上多次與蔣反目的孫科更不能在臺(tái)灣立足。此時(shí)的孫科已步入垂暮之年，蟄居海外，雖然清閑，但靜極思動(dòng)，加之在美生活頗為清苦，諸般雜事皆須自己動(dòng)手，生活上有諸多不便，漸生歸臺(tái)之意。而臺(tái)灣方面，自60年代初始，孫科的某些故舊也為孫科赴臺(tái)多方積極活動(dòng)。1962年“雙十”節(jié)前夕，中山縣籍“立委”劉崇齡向“行政院”提出質(zhì)詢，他說(shuō)：“哲生先生功在國(guó)家，過(guò)去擔(dān)任過(guò)國(guó)民政府的副主席和行政院院長(zhǎng)、立法院院長(zhǎng)。最近孫先生于言詞之間也懷念臺(tái)灣的老朋友，同時(shí)表露出有思鄉(xiāng)之感。”劉崇齡要求當(dāng)局主動(dòng)邀請(qǐng)孫科返臺(tái)。對(duì)劉崇齡的質(zhì)詢，行政院副院長(zhǎng)王云五回答說(shuō)：“政府非常歡迎哲生先生回國(guó)，而且在籌備中的第三次陽(yáng)明山會(huì)談，哲生先生也列入盡先邀請(qǐng)的名單。”不久，孫科的故舊、國(guó)民黨元老梁寒超等粵籍要人積極活動(dòng)，為孫科赴臺(tái)進(jìn)行各項(xiàng)具體安排。

　　1964年由臺(tái)灣出資，在美組織了“中華文化教育基金會(huì)”，并推舉孫科任董事長(zhǎng)，孫科前往華盛頓參加年會(huì)，來(lái)往機(jī)票及餐宿費(fèi)用均由該會(huì)負(fù)責(zé)。從此之后，孫科與臺(tái)灣官方機(jī)構(gòu)重新建起了聯(lián)系，孫科有意返臺(tái)，蔣介石也有心歡迎。于是，1965年10月29日，孫科搭機(jī)從美返臺(tái)，在臺(tái)北松山機(jī)場(chǎng)受到蔣經(jīng)國(guó)及2000余人的熱誠(chéng)歡迎，場(chǎng)面之盛大令孫科潸然淚下。從此，孫科結(jié)束了海外流亡生涯，投奔蔣介石統(tǒng)治下的臺(tái)灣。

　　孫科抵達(dá)臺(tái)灣次日，在蔣經(jīng)國(guó)的陪同下，專程從臺(tái)北乘專機(jī)前往高雄蔣介石官邸拜謁。自1949年廣州分手，16年后他們?cè)谂_(tái)灣相逢，過(guò)往舊事已如昨日煙云，彼此相見甚歡。蔣介石設(shè)午宴招待孫科，飯后并邀同車到外面游覽風(fēng)景。蔣并親送孫科回左營(yíng)軍校寓所。蔣介石還將自己曾住過(guò)的陽(yáng)明山第一賓館交給孫科及其家屬居住，該住所系日式平房，花木扶疏，清靜幽雅，孫科在臺(tái)一直居住于此。

　　孫科承蒙蔣介石以禮相邀，便積極投桃報(bào)李。一周后，臺(tái)北舉行“華僑救國(guó)總會(huì)第三次代表大會(huì)”，在開幕典禮上，孫科發(fā)表了返臺(tái)后第一次公開演講，明確表示全力擁護(hù)蔣介石。半個(gè)月后，在紀(jì)念孫中山先生百年誕辰大會(huì)上，孫科再度吹捧蔣介石，抨擊中國(guó)共產(chǎn)黨。

　　返臺(tái)后的孫科在許多重大場(chǎng)合表明了支持蔣介石的政治立場(chǎng)，這些均被蔣介石一一看在眼里。1965年12月20日，蔣介石正式聘孫科為“總統(tǒng)府資政”，1966年9月1日，蔣介石又正式提名孫科為“考試院”院長(zhǎng)，從此孫科又名列臺(tái)灣黨國(guó)要人之列。雖然“考試院”院長(zhǎng)只是一個(gè)閑職，然對(duì)于年已76歲的孫科而言，已心滿意足了。