臺“軍情局”的主要任務和活動是：搜集大陸政治、軍事、經濟情報，情況需要時還可以策劃破壞、暗殺，對大陸沿海地區進行襲擊、騷擾、心戰等活動。此外，“軍情局”的主要任務還包括，適時在大陸建立和發展“敵后武力”，對大陸軍隊進行策反和軍事“攻心”等。目前，“軍情局”除了持續推動傳統情報工作外，還特別注重發展強化高科技監聽裝備。
嚴選間諜深入大陸
近年來，隨著大陸改革開放、海峽兩岸交流交往日益增多，臺灣“軍情局”亦不失時機地制定計劃，選派人員赴大陸，以參觀、旅游、探親和投資辦廠等名義，搜集大陸軍、政、經情報，物色工作對象，發展間諜網絡等。
二、嚴格選拔和認真培訓“軍情局”情報人員，企求保證能完成賦予的情報任務。
陳水扁當局和臺軍對“軍情局”情報人員的選拔與培訓抓得很緊，除了通過“情報�？瓢唷睂ν庹猩猓^大多數都是對臺軍各軍兵種現役軍官實施培訓。在軍職系統的特務選訓過程中，尤其重視“品德考核”與“安全檢查”兩大項。
三、臺“軍情局”制定“六大計劃”千方百計直接搜集大陸情報。
長期以來，臺灣“軍情局”制定了所謂的“六大計劃”，直接秘密搜集大陸相關情報，這“六大計劃”的代號分別為：“夏陽”、“黎明”、“先基”、“晨曦”、“春風”和“復華”，其中有些方案已經以“軍情局”為主的情報單位秘密執行多年。
“夏陽”計劃，指的是在大陸政治、軍事、經濟、科技等9種重要戰略目標中，積極發展情報組織的行動計劃。該計劃明確列出20個優先發展情報力量的城市，包括北京、天津、沈陽、南京、廣州、蕪湖、遂溪、湛江等，因為這些城市為政治、經濟和科技中心或為軍事要地。
“黎明”計劃，主要是針對兩岸發生沖突時，如何為臺軍特種部隊發動反制攻擊提供目標情報服務。該計劃選擇了大陸東南沿海，包括舟山、汕頭、廈門等9處地點作為臺軍突擊的主要目標，搜集這這些地區的陸地和水文資料，以備臺軍登陸作戰之用。
六大計劃秘密進行
“先基”計劃，是指加強在大陸沿海的導彈陣地、雷達場站、指揮中心、通信樞紐、軍港以及機場等6種主要軍事目標區，搜集“預警性軍事情報”。
“晨曦”計劃，重點是策劃一旦兩岸戰事爆發，如何迅速將臺在大陸潛伏的情報組織啟動為具有“實際行動”能力的“敵后武工隊”，以便在大陸重點地區進行爆炸、暗殺等破壞和顛覆性活動。
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