5月5日 特偵組偵辦陳水扁涉貪瀆等案第二波案情偵查終結。檢方依公務員對職務上的行為收受賄賂及圖利等罪，將陳水扁及妻子吳淑珍追加起訴。

　　5月11日 臺北地方法院針對陳水扁延押與否展開評議，宣布將陳水扁繼續羈押兩個月。

　　6月3日 特偵組偵辦陳水扁涉貪瀆等案，發現陳水扁女兒陳幸妤、女婿趙建銘、兒子陳致中在屢次偵訊過程中供詞不一，涉嫌偽證罪。特偵組已分案偵辦，并將3人列為被告。

　　6月4日 針對特偵組5月5日追加起訴陳水扁和吳淑珍收賄、圖利以及違反“政治獻金法”三項罪嫌，臺北地方法院傳喚吳淑珍召開準備程序庭，吳淑珍當庭部分認罪。

　　6月22日 陳水扁女兒陳幸妤、女婿趙建銘、兒子陳致中均坦承曾作偽證。

　　陳水扁涉嫌在任內11次出訪期間，侵占機密“外交”款項共計30余萬美元，已被列為貪污被告。案件已被移送特偵組偵辦。

　　6月30日 臺北地檢署偵辦陳水扁女兒陳幸妤偽證案，簽分吳淑珍為教唆偽證罪被告。

　　7月13日 臺北地方法院宣布，陳水扁被控貪污、洗錢等案，羈押要件未消失，合議庭裁定將其繼續延押兩個月。

　　7月17日 臺北地檢署依偽證罪起訴陳水扁夫人吳淑珍、兒子陳致中、女兒陳幸妤、女婿趙建銘，并依教唆偽證罪起訴吳淑珍。由于吳淑珍等4人在偵查中自白，檢方請求法院減輕其刑。

　　7月27日 臺北地方法院審理陳水扁家族弊案，從當日起到7月30日展開密集開庭，并進行言詞辯論程序。

　　8月4日 臺北地方法院傳喚陳水扁兒子陳致中等6人確認認罪協商。檢方指出，由于6名被告犯罪情節重大，且有后案待查，6人認罪協商都將遭拒絕。

　　三、法院宣判階段——扁家人因各種罪名分別獲刑

　　9月1日 臺檢方偵辦機要費案衍生偽證案，起訴陳水扁家族4人以及前101大樓董事長陳敏熏，臺北地方法院作出一審宣判：扁妻吳淑珍判刑2年，減刑為1年；扁子陳致中、女兒陳幸妤、女婿趙建銘判刑1年，減刑為6個月。

　　此外，法院另案告發陳致中、陳幸妤涉及貪污罪。此后，法官另告發陳水扁涉嫌教唆偽證罪，由檢察官偵辦。

　　9月11日 臺北法院對陳水扁家族所涉機要費、洗錢、龍潭購地、南港展館等弊案，進行一審宣判。