1950年新年過后，杜魯門實行拋棄臺灣的政策，毛澤東赴莫斯科同斯大林結盟，人民解放軍繼攻下海南島之后正醞釀攻打臺灣，使臺灣的政局更加動蕩不安。大學生在校園內“扭秧歌”、事業單位“護產待變”，撤退來臺的人打算再度開溜，中共地下黨準備起義接收，再不拉下顏面進行改造，結局只能是“坐以待斃”了。

　　在這樣一種情況下，1950年3月1日，蔣介石正式復職，他將大陸失敗的責任一概推給李宗仁，開始著手收拾殘局，苦心經營臺灣孤島。蔣介石認為，臺灣目前局勢不穩，以前大陸的一套人事顯然不適用了，要穩定人心，必須調整人事，因此，他大幅度地更換了各級行政人選。其中包括：提拔陳誠擔任行政院長，以取代閻錫山；派吳國楨為臺灣省主席；提拔年青的周至柔任國軍總參謀長兼空軍總司令，非黃埔出身的孫立人為陸軍總司令，海軍總司令仍由桂永清擔任；蔣經國為國防部政治部主任。

　　對于特務工作，蔣介石依然十分重視。還在1949年7月，蔣介石就在高雄成立了“政治行動委員會”，召集人為唐縱，主委周至柔，成員有蔣經國、鄭介民、毛人鳳等。其基本任務是統一所有情報工作，并使之充實強化。到了1950年，“政治行動委員會”改為“總統府機要室資料組”，并規定舉凡一切黨政特務機構，均歸其管轄指揮。實際上，這個總統府機要室資料組取代了原中統、軍統的一切業務。

　　緊接著，蔣介石召集2000名高中級干部發表演講，對國民黨在大陸失敗作了一次富于感情色彩的檢討，他說：“要不惜犧牲感情與情面，虛心接受在大陸失敗的教訓，進行徹底改造，愿為‘反攻復國’大業鞠躬盡瘁，爭取最后勝利。”聽了蔣的這一番“肺腑之言”，許多國民黨官員潸然淚下。20多年來，蔣介石一直是國民黨的大獨裁者，一貫以“完人”自居，如今能不顧臉面當眾認錯，的確能起到籠絡人心與鼓動作用。