蔣介石所進行的國民黨改造，主要的不是思想整頓，而是一次人事和權力結構上的重新組合，這就勢必要有改造打擊的目標。這樣，由于桂系與蔣介石結怨最深，所以，蔣介石自然要把改造的重點目標對準以李宗仁、白崇禧為代表的桂系集團。

　　改造和打擊的第二個重點目標就是陳果夫、陳立夫兩兄弟所把持的黨務系統的“CC”系。1950年7月22日，國民黨中央常委會召開臨時會議，通過了由蔣經國、張其昀起草的《中國國民黨改造案》，正式決議進行國民黨改造。蔣介石在會上“希望全黨同志，同心協力，推動改造工作”。時隔4天，他又以“總裁”身份提出了16人的中央改造委員會委員名單。8月5日，中改會通過《組織大綱》和《本黨改造綱要》。蔣介石對國民黨改造寄予厚望，他說：“今天整個國家的生死存亡，系于本黨此次改造的成敗。各位同志應以臨深履薄戒慎恐懼的心情，同心同德相輔相成，把臺灣建成一個三民主義的模范省。”蔣介石說得很輕松，但這些話對陳果夫、陳立夫來說卻是相當沉重，他們仿佛有一種奔赴刑場的感覺。的確，他們不得不承認，他們不想看到的這一天終于來了。